Mengapa jeruk nipis menjadi begitu berharga tentu tidak lepas dari manfaatnya. Walaupun ukurannya kecil, jeruk nipis memiliki semua kandungan nutrisi yang dimiliki jeruk seperti vitamin C, senyawa limonin glukosit, limonin, dan hesperidin. Memiliki efek ekspektoran (mengencer lendir), antiseptik, antioksidan, antitoksik (mengeluar racun), peluruh kencing, astringen (menciutkan), antiradang. Tapi melebihi jeruk manis, kandungan minyak atsiri jeruk nipis jauh lebih tinggi.

Limonin yang banyak terkandung pada kulit jeruk merupakan senyawa yang berfungsi mencegah perubabahan sel menjadi kanker, meningkatkan aktivitas protein penghambat hormon yang berkaitan dengan terjadinya kanker payudara, serta memperbanyak enzim dalam liver yang bertugas membuang bahan kimia penyebab kanker. Selain kandungan limolinnya yang tinggi, kulit jeruk mengandung vitamin P, flavonoid, koumarin, triperten, vitamin C, karoten, dan pektin. Vitamin C dan karoten selain sebagai antioksidan juga berkhasiat meningkatkan kekebalan tubuh, zat aktif flavonoidnya juga berkhasiat antiradang, antibakteri, juga antijamur.